誤解のなきよう申し添えますがこの加工をしなくても走ります。
ただ、よりスムースな状態をお求めの向きは、台車に関しては下記をチェックしてみてください。

一番走行に影響するのは、やはり台車の左右首振りへの抵抗が主な原因のようです。
さらに工作に自信のある方、というよりは
リスクのある加工をしても自己責任の持てる方のみが対象
ですが
1)車軸を受ける部分をヤスリがけ仕上げ、接点グリス塗布
2)床板と接触する箇所の上面、および左右動の際に接触する上側面を
  ヤスリがけして接点グリス塗布
3)台車内のギヤのうち、小アイドラーの中心軸に、大ギヤが干渉する事例が
  ごく少数(試用20個のうち1組発見)あるようなので、小アイドラーの軸先を
  大ギヤの円周方向と同じ向きに軽く斜めにヤスリがけ(ほとんどの場合、必要なし
  〜走行させてザラつく場合にのみ検討)
4)同じく、小アイドラーに左右の遊びが大きく大ギヤに刃を当てている事例が
  ごく少数発生(これも試用中1/20のみ)するので、小アイドラーの歯の側面を
    斜めに削る(こういう加工に名前があったはずなのですが忘れてしまいました…)
5)大ギヤの軸の根元など、湯がほんの少しだけバリ状になっているものがあり(あるいはメッキ斑?)
  かるくヤスリがけ。ついでに小アイドラーも側面をヤスリがけして、歯の目立ても行う
6)台車枠下部のギヤ逃げ孔、孔そのものは正しい寸法でギヤの干渉から逃げてあるが
  これもバリ?がこすれる事例がごくごく稀にあるので、カッターナイフで仕上げる

このほか、上記にもありますが床板の台車受け部分の左右動についてのストレス、
台車の燐青銅板と、床板との接触圧、モーター軸に直接つけたウォームと、台車ギヤとの間隔
(ウォームが台車に押し付けられすぎていると、ギクシャクした走りになります)等。